Cladistique

La cladistique (ou reconstitution phylogénétique) est une des méthodes pour effectuer les "regroupements naturels" des espèces : elle a pour but de reconstituer la descendance généalogique des organismes au moyen d'analyses objectives et reproductibles et par les regroupements obtenus de proposer une hypothèse de la classification naturelle ou de la phylogénie. La cladistique est basée sur 3 hypothèses fondamentales :
     - Chaque taxon est intégré dans des groupes naturels sur la base de caractères dérivés partagés (Synapomorphique)
     - Tous les groupes reconnus doivent descendre d'un seul ancêtre (ils sont monophylétiques) et que le groupement le plus économe (celui qui requiert le plus petit nombre d'étapes (d'échelons) pour résoudre les relations entre les taxons) est celui qui a le plus de chance d'être juste.
     - Les groupes définis usant des caractères primitifs partagés (symplésiomorphiques) ont toutes les chances d'être paraphylétiques et donc de ne pas inclure tous les descendants d'un ancêtre (ou même ancêtre). Les groupes délimités qui ne partagent pas un ancêtre commun sont polyphylétiques et résultent souvent de caractères convergents.
On opère par traitement informatique des données à l'aide d'algorithmes et le résultat est un diagramme fourchu (cladogramme) qui montre les combinaisons des relations entre les organismes d'après les caractères utilisés.
L'étude des mutations du chromosome des mitochondries (organismes qui par leur chromosomes et leur ribosomes semblables a ceux des Bactéries sont soupçonnés d'être des Prokaryota devenus symbiotiques de la cellule des Eukaryota), qui, remarquablement stable, permet de "remonter le temps" très loin.

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Exemple de cladogramme

tiré de : VELLINGA E. C., de KOK R. P. J. & BRUNS T. D.,2003. Phylogeny and taxonony of Macrolepiota (Agaricaceae). Mycologia 95 (3) : 442-456.